您在农田上建的厂房若处理不当，可能面临以下法律风险：
1. 违建拆除风险：若未完成法定农用地转用审批，即使交钱办了证，厂房仍可能被认定为违法建筑，面临强制拆除。例如：您的农田是永久基本农田，乡里无权审批转用，交钱办的证无效，自然资源部门可依法拆除厂房。
2. 罚款风险：违法占用农用地建设厂房，可能被处以每平方米10-30元的罚款。例如：您的厂房占地1000平方米，未合法转用，可能被罚款1万-3万元。
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针对您在农田上建的厂房能否办集体建设性土地证的问题，《土地管理法》第四十四条明确了农用地转用的法定条件。
《中华人民共和国土地管理法》（2019修正版）第四十四条规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准；在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施规划将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按年度计划分批次由原规划批准机关或其授权机关批准，已批准范围内的具体项目用地由市县政府批准；规模范围外的，由国务院或其授权的省级政府批准。”您12年在农田上建的厂房属于农用地转用行为，若未完成上述法定审批，仅通过乡里交钱无法合法办理集体建设性土地证，需先完成对应层级的农用地转用审批，否则即使交钱也可能属于违法办证。

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